Hola Diego, te dejo aqui la propuesta ya con el problema solucionado.
Basicamente lo que hicimos fue remover todos los archivos malisiosos (eran aproximadamente 4) , quitamos los enlaces a jquery que estaban mal, apuntando a un sitio de terceros, y dejamos instalado un buen antivirus en el sitio.
Para que no vuelva a ocurrir, te recomiendo que:
a) Cambies todas las claves de WP, FTP y del CPANEL
b) Actualices a Wordpress 4.1 (Ojo que aqui debes comprobar que el theme sea compatible)
c) Corras un scaneo programado del antivirus al menos una vez por semana, hasta pasado unos 3 meses.
Muchas gracias,
Un abrazo