Hola, Tengo un sistema que hice para una panadería, tengo el modelo de datos en mssql, en el lado del servidor es mvc4 .net y por el lado del cliente ExtJs 4.2, si requieres el lado del servidor en PHP se puede cambiar sin tener que modificar la vista, el sistema lo dividí en 3 módulos: seguridad(cuentas usuarios, accesos por formulario), producción(producción diaria, programa de producción, movimiento almacén, kardex) y ventas(pedidos y cobranzas). para responder a tu ejemplo el módulo de producción maneja, maestro de productos, insumos, almacenes, movimientos de almacén, permite registrar los ingredientes(insumo) de un producto por ratios, de esta forma se puede obtener reportes para hallar el consumo de insumos real por el esperado. si estas interesado contactame.
Saludos.